前面说到不是所有的细菌都是有害的，其中会导致生病的那些细菌被我们判定为“坏细菌”，其他不致病的被判定为“好细菌”，还有些“墙头草”则被称为中性菌。要辨别微生物的“好”与“坏”可不是件容易的事。
有些微生物生活在肠道之中，虽然也会利用肠内的养分，但对人体并不会产生不利影响，甚至还能产生一些对我们有益的物质。就像房主会把房子优先出租给素质高、肯配合的租客，我们的免疫系统会给这些微生物颁发“良民证”，把“居住空间”给它们，如此它们便构成了肠道菌群的大部分。另一些微生物对我们就不那么“友好”了，其代谢产物对人体将会产生损害，导致疾病;还有一些细菌，数量少时没有威胁，但大量增殖的时候就会危害健康。
既然人体和“好细菌”已经成了邻里乡亲，就理应互相帮助共同抗敌。除了人体免疫系统的杀灭，“好细菌”本身也通过竞争生存空间和养分、分泌杀菌物质来对抗“坏细菌”。如果“坏细菌”伺机兴风作浪，“好细菌”也会损失惨重，或者当肠道菌群受到破坏，“好细菌”的数量不足，“坏细菌”也会趁势而起。
肠道菌群失调后，轻则会出现便秘、腹泻、发胖，严重的甚至可能致命，当然这里指的是非常严重的情况，即广谱抗生素过量、过久使用导致的真菌感染、伪膜性肠炎等。
抗生素是把双刃剑，在杀死“坏细菌”的同时，也杀死很多正常的肠道微生物，久而久之，很容易发生肠道微生态失衡，经过广谱抗生素过量、过久的反复筛选，使得一些平素数量上很不起眼的细菌，如艰难梭菌等致病菌有机可乘。
艰难梭菌，是一种机会感染细菌，其实它广泛存在于自然界中(空气、土壤、动物)，在肠道中也会有少量存在，但并不会引起人生病。也就是说，人并不是一接触艰难梭菌就发病的，但得病也不是无缘无故，本病好发于年老体弱、免疫功能低下、长期使用广谱抗生素的患者。其实，当机体抵抗力低下，或者长期使用抗生素时，肠道菌群的平衡就被打破了，使得艰难梭菌能够有机可乘，大量繁殖，进而引起疾病。
这种细菌的感染会导致一种严重的疾病--伪膜性肠炎，它可不是一般的拉肚子，它是临床上一种十分难治的疾病。得此病的患者有非常顽固的腹泻，对于典型的患者，在肠镜下可见到肠道表面有斑片或成片的伪膜，附着在肠壁上并不容易脱落，一旦掉下来就形成一大片溃疡，因此得名“伪膜性肠炎”。本病的特点就是顽固性腹泻，重症及暴发型患者在短时间内将会丢失大量的水、无机盐，进而出现水和电解质紊乱、低蛋白血症、中毒性及低血容量性休克，常常危及生命。这类患者的免疫力往往较低，治疗起来非常棘手，病死率很高。
想要从根本上治疗这种疾病，还得靠肠道菌群的重新建立，粪菌移植可将复发性伪膜性肠炎的治愈率提高至90%，伪膜性肠炎因此被戏称为“通过买大便、大便灌肠来治疗的疾病”。
